1985-88

Historia AEGEE sięga dnia 16 kwietnia 1985 roku, kiedy to grupa studentów postanowiła zorganizować w Paryżu konferencję „EGEE” (Etats Généraux des Etudiants de l’Europe). To spotkanie było początkiem dyskusji młodych mieszkańców Europy na temat ich włączenia się w proces integracji europejskiej. Studenci postanowili zaprezentować swoje poglądy przedstawicielom Wspólnoty Europejskiej oraz rządom krajowym. Rok później opracowano specyficzną strukturę organizacji, która nie zawierała poziomu narodowego. Inicjatorem założenia stowarzyszenia i pierwszym Prezydentem został Franck Biancheri. Pierwsze oddziały lokalne powstały w 6 miejscowościach: Paryżu, Leiden, Londynie, Madrycie, Milanie i Monachium. Szybko jednak rozszerzono działalność na całą Europę. Rok 1988 przyniósł zmianę nazwy organizacji na AEGEE.

1989-95

W 1989 roku AEGEE wychodząc naprzeciw dokonującym się zmianom politycznym zaczęło aktywnie działać na terenach Europy Środkowo – Wschodniej. Rozpoczęto od przeniesienia miejsc organizacji głównych wydarzeń statutowych do państw Europy Wschodniej. To zapoczątkowało powstawanie nowych anten na tych terenach.

1996-99

Rosnąca sieć anten oraz rosnąca phone erotica liczba kontaktów zewnętrznych, głównie w stolicy Belgii, a także poczucie braku kontroli na wszystkimi działaniami było bodźcem do przeniesienia w roku 1996 centrali organizacji z Paryża do Brukseli. To zapoczątkowało okres częstszych kontaktów z innymi organizacjami oraz jednostkami zaangażowanymi w proces integracji europejskiej. Obecnie AEGEE jest wspierane przez Komisję Europejską. Posiada status doradcy Rady Europy i Organizacji Narodów Zjednoczonych w zakresie edukacji i programów nauczania. Współpracuje również z UNESCO i OBWE.

2000-2005

To okres wspierania rozszerzania UE oraz demokratyzacji we wschodniej części Europy. W pierwszych latach XXI wieku sieć AEGEE gwałtownie się rozwinęła. W roku 2004 około 260 anten zorganizowało łącznie 135 konferencji i seminariów oraz blisko 100 SU. AEGEE z powodzeniem wykorzystuje swoje 15-letnie doświadczenie w łączeniu Wschodu i Zachodu promując ideę Zjednoczonej Europy. W tych latach najbardziej znaczące były projekty „Europe’s identity”, „Education for Democracy” czy „Hotspot”. AEGEE podejmowało również wiele inicjatyw w celu umocnienia demokracji i pokoju w regionach niestabilnych i dotkniętych wojną, między innymi na Bałkanach, na Ukrainie czy na Cyprze.